The viral intra-host genetic diversities and interactions with the human genome during decades of persistence remain poorly characterized. In this study, authors analyzed the variability and integration sites of persisting viruses, included parvovirus B19, six herpesviruses, Merkel cell (MCPyV) and JC polyoma viruses, totaling 127 genomes. The viral sequences across organs were remarkably conserved within each individual, suggesting that persistence stems from single dominant strains and that intra-host viral evolution, thus far inferred primarily from immunocompromised patients, is likely overestimated in healthy subjects. On the contrary, increased viral subpopulations were found in individuals with putative reactivations, suggesting that replication status influences diversity. Furthermore, asymmetrical mutation patterns emerged, reflecting selective pressures exerted by the host. This work systematically characterizes the genomic landscape of the tissue- resident virome, highlighting potential drifts occurring during infections, and is of paramount relevance for understanding the dynamics of host/virus evolution, also relating to the dynamics immune escape and emergence of antiviral drug resistances.
Le diversità genetiche virali nell’ospite e le interazioni con il genoma umano durante decenni di persistenza virale rimangono scarsamente caratterizzate. In questo studio, gli autori hanno analizzato la variabilità e i siti di integrazione di virus persistenti, inclusi il parvovirus B19, sei herpesvirus, Merkel cell (MCPyV) e JC polyoma virus, per un totale di 127 genomi. Le sequenze virali nei diversi organi si sono dimostrate notevolmente conservate all’interno di ciascun individuo, suggerendo che la persistenza deriva da singoli ceppi dominanti e che l’evoluzione virale intra-ospite, finora dedotta principalmente da pazienti immunocompromessi, è probabilmente sovrastimata nei soggetti sani. Al contrario, sono state riscontrate sottopopolazioni virali aumentate in individui con presunte riattivazioni virali, suggerendo che lo stato di replicazione influenza la diversità genetica. Inoltre, sono emersi modelli di mutazione asimmetrici, che riflettono le pressioni selettive esercitate dall’ospite. Questo lavoro caratterizza sistematicamente il panorama genomico del viroma residente nei tessuti, evidenziando le potenziali derive che si verificano durante il corso delle infezioni, ed è di fondamentale importanza per comprendere le dinamiche dell’evoluzione ospite/virus, anche in relazione alle dinamiche di elusione immunitaria e dell’emergere di resistenze ai farmaci antivirali.