Environmental microbiome, human fungal pathogens, and antimicrobial resistance

Settembre 29, 2025

Antifungal drug resistance (AFR) represents an emerging threat to global health, long underestimated compared with antibiotic resistance, despite its growing impact in terms of mortality and socioeconomic costs. Many clinically relevant pathogens, including Aspergillus fumigatus, Candida auris and Cryptococcus neoformans, have an environmental origin, and the spread of resistant strains is fueled by the intensive use of antifungals in medicine, agriculture and animal husbandry. The global context further amplifies the problem: climate change favors the selection of thermotolerant and more virulent fungi; biodiversity loss undermines natural mechanisms of microbial control; pollution from microplastics and heavy metals contributes to the selection of resistant strains; and the COVID-19 pandemic has increased hospital antifungal use, accelerating the emergence of highly lethal resistant coinfections. In light of these challenges, it is essential to adopt new therapeutic and preventive strategies. Beyond the development of new molecules and the repurposing of existing drugs, innovative approaches are emerging, such as the use of mycoviruses capable of inducing hypovirulence in fungal pathogens, probiotics and postbiotics that can modulate fungal colonization and strengthen host immune responses, as well as the development of vaccines. At the political and social level, an integrated One Health approach is needed, jointly addressing human, animal, plant and ecosystem health. In this perspective, the establishment of an international unit specifically dedicated to AFR is desirable, with the task of coordinating surveillance, harmonizing databases, promoting stewardship programs, and implementing educational initiatives involving all stakeholders. In conclusion, AFR can no longer be considered a problem confined to the clinical sphere, but must be addressed as a global threat arising from the interaction between environmental microbiomes, ecological dynamics and human practices. Only coordinated, multidisciplinary and international efforts will be able to curb the spread of resistant fungal pathogens and ensure effective therapeutic solutions for the future.

 

La resistenza ai farmaci antifungini (AFR) rappresenta una minaccia emergente per la salute globale, finora sottovalutata rispetto alla resistenza agli antibiotici, nonostante il suo impatto crescente in termini di mortalità e costi socioeconomici. Molti patogeni clinicamente rilevanti, tra cui Aspergillus fumigatus, Candida auris e Cryptococcus neoformans, hanno origine ambientale, e la diffusione di ceppi resistenti è favorita dall’uso massiccio di antifungini in medicina, agricoltura e allevamento. Il contesto globale amplifica ulteriormente il problema: il cambiamento climatico favorisce la selezione di funghi termotolleranti e più virulenti; la perdita di biodiversità compromette i meccanismi naturali di contenimento microbico; l’inquinamento da microplastiche e metalli pesanti contribuisce alla selezione di ceppi resistenti; la pandemia di COVID-19 ha incrementato l’uso ospedaliero di antifungini, accelerando l’insorgenza di coinfezioni resistenti ad alta mortalità. Alla luce di queste criticità, diventa imprescindibile adottare nuove strategie terapeutiche e preventive. Oltre allo sviluppo di nuove molecole e al riposizionamento di farmaci già disponibili, emergono approcci innovativi come l’impiego di micovirus capaci di indurre ipovirulenza nei funghi patogeni, l’uso di probiotici e postbiotici in grado di modulare la colonizzazione fungina e potenziare la risposta immunitaria dell’ospite, nonché la ricerca di vaccini. Parallelamente, sul piano politico e sociale, risulta necessario un approccio integrato One Health che consideri congiuntamente la salute umana, animale, vegetale e dell’ecosistema. In quest’ottica, è auspicabile la creazione di un’unità internazionale specificamente dedicata all’AFR, con il compito di coordinare la sorveglianza, armonizzare le banche dati, promuovere programmi di stewardship e attuare iniziative educative rivolte a tutti gli attori coinvolti. In conclusione, l’AFR non può più essere considerata un problema circoscritto all’ambito clinico, ma va affrontata come una minaccia globale derivante dall’interazione tra microbioma ambientale, dinamiche ecologiche e pratiche antropiche. Solo un impegno coordinato, multidisciplinare e internazionale potrà limitare la diffusione di patogeni fungini resistenti e garantire soluzioni terapeutiche efficaci per il futuro.

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